按照卫生部以电子病历为中心的医院信息化建设的要求，以先进的全面的数字化管理软件(包括HIS、EMR、CIS、PASS、PACS、LIS、DRGS等)。先进的数字化管理流程，先进的数据库设计，进行医院的数字化建设，实现智慧化的全面的医院信息管理；实现业务、医疗、质量的数字化管理，实现门诊、住院电子病历；改善和优化医院门诊的管理流程，提高病人就诊的方便性、快捷性、舒适性，提高医疗质量，提高经济效益，提高医务人员的工作效率。
医院信息化是实现医疗现代化的重要任务之一，医院信息化是社会信息化不可缺少的组成部分。我国的医院信息化经过20多年的发展，已经初具规模并且取得了长足的进步。据卫生部统计中心的调查资料显示，以费用和管理为中心的全院网络化系统应用已经超过了80%，并且许多临床系统也得到了快速的应用和发展，例如LIS系统、住院医生工作站、门诊医生工作站等。一些沿海经济发达地区也开始了临床路径、全院PACS、移动无线应用、RFID、服务器集群、虚拟机、云计算等先进技术。这些都充分表明我国的医院信息化发展是健康的、迅速的、取得了较好的应用效果。
医院信息化不是简单的医院内部管理流程计算机化，它应该贯穿于医疗活动的各个环节，是以病人信息的共享为核心，包括院内各科室间、各医院之间、医院与社区、医疗保险、卫生行政部门之间的信息共享与决策分析。医院信息化（Hospital Information System HIS）按照美国Morris.F.Collen教授所给的定义：“利用电子计算机和通讯设备，为医院所属各部门提供病人诊疗信息（Patient Care Information）和行政管理信息（Administration Information）的收集（Collect）、存储（Store）、处理（Process）、提取（Retrieve）和数据交换（Communicate）的能力，并满足所有授权用户（Authorized）的功能需求。结合我国的医院信息化发展可以分为三个阶段：
第一阶段是以费用管理为中心的基础建设（HMIS）阶段；
第二阶段是以电子病历为核心的临床信息化（HCIS）阶段
第三阶段则是基于区域卫生信息化阶段（GMIS）。
在经过了第一轮的 HIS系统实施之后，目前一些大型医院已经开始考虑对HIS系统进行升级和修改，以满足新功能的需求。一些先期信息化建设基础较好的医院逐渐转向临床信息系统，开始医生工作站、检验信息系统(LIS)、医学影像系统(PACS)系统的建设。随着医疗集团、社区医疗服务的开展，区域卫生网的应用将越来越广。业内人士指出，尽管目前CIS系统和PACS系统在医院的实际应用水平还尚待提高，区域卫生信息系统还处于方案设计阶段，但该类系统的建设标志着中国医疗信息化建设正逐步向深层次应用方向发展。
目前医院信息化建设虽然发展迅猛，但应该看到还是有诸多问题与困难。首先由于医院信息化建设的体制和机制还不够健全、缺乏规划，项目的成功率、投资效率和信息共享水平需要近一步提高。其次由于基础研究较少、信息标准研发能力差，系统集成和互操作能力较差。再次，由于医疗信息的特殊性、复杂性、以及涉及的业务部门繁多，因此国内尚无一家公司的产品能够覆盖医院的所有业务，很多公司只是专注于某一个或几个部门业务，由于各公司系统数据标准及格式的差异，造成了信息孤岛。有些医院表面上实现了异构系统间的集成，但大多采用点对点的集成方式，造成了系统间的紧耦合及接口数量，同时也无法对数据交互过程进行管理，造成出现问题互相推诿。最后，由于临床医护人员的参与度不够、技术人员缺乏临床经验，造成部分临床信息系统功能达不到用户期望，尤其是作为CIS核心的电子病历（EMR）的发展受技术、政策法规的约束，大部分应用只是停留在文档记录静态层次，只是代替了手工书写，而对其的动态层次（数据交换）及服务层次（科研分析、辅助决策）还未能达到临床要求。因此，在医院信息化的建设中，除了要继续巩固基础HIS系统，建立以电子病历为核心的临床系统，必须考虑院内各异构系统间及与其他医疗机构间应用集成。
在今后的5到10年内，中国的医疗卫生行业将会发生巨大的变革，而患者、政府、医疗机构将作为三种主要的推动力量。从患者角度讲随着人们生活质量的提高、人口老龄化、城市化的发展带来了疾病结构的变化及城乡医疗保障制度的变化，病人不再只是单纯的治疗，对于健康保健、自身权利提出了更高的服务要求。政府明确表示要提高卫生服务质量及普及性，政策法律也向病人倾斜，加强公共卫生建设和农村卫生信息化建设。各个医疗机构随着其在医疗系统中的角色变化其业务也在发生变化，而政策和制度的不确定性也使得其管理和效率发生变化，为了保证自己的生存和发展，在保证医疗质量、优化工作流程、提高服务水平、加强人员素质及考核等方面提出了更高的要求。这些变革都导致对医院信息化建设提出了更高的要求，在满足目前的医院管理流程及业务的情况下，深化扩展以病人为中心的HIS和CIS系统，提供经营管理决策和医疗决策支持系统，提供符合国家、行业标准的先进的集成方式，以完成不同医疗机构间的信息共享，在满足当前业务应用需求的的同时，充分考虑系统的扩展性与灵活性，以便及时应对医疗政策和制度的变化。
综上所述，新一代的数字化医院信息应用系统，应当包括六大部分：
第一部分是满足临床医疗要求的临床信息应用系统；
第二部分是辅助临床医疗要求的临床医技应用系统；
第三部分是满足医院经营核算管理的经营管理系统；
第四部分是满足医院运营分析、医疗评价的决策支持系统；
第五部分是满足与其他医疗机构之间医疗协作的协同医疗系统；
第六部分是满足临床科研与教学要求的科研教学应用系统。
上述系统均应建立在满足异构系统及不同医疗机构间信息交互要求的集成平台之上。